Administron veprimtarinë e brendshme ekonomiko-financiare të ShGjSh konform akteve ligjore e nënligjore në fuqi.
Ka përgjegjësi të plotë për zbatimin e rregullave të menaxhimit të Buxhetit, për organizimin e drejtimit të veprimtarisë ekonomiko-financiare të Institucionit.
Siguron dhe menaxhon Prokurimet, lidhjen e kontratave, zbatimin e tyre.
Menaxhon shërbimet ndihmëse dhe administrative.
Rregullon administrimin e burimeve njerëzore.
Ne bashkëpunim me Drejtorinë e Programim Zhvillimit përpunon dhe paraqet në kohë Projekt-Programin e Financimit për vitin pasardhës.
Me miratimin e Financimit Buxhetor të vlerës së financimit (shpenzime korente dhe investime) në bashkëpunim me Drejtorinë e Programim Zhvillimit prëgatisin preventivat për çdo projekt.
Bashkëpunon me Drejtoritë e METE për problemet ekonomiko-financiare të Institucionit.
Siglon çdo material për veprimtarinë ekonomiko-financiare që del nga kjo Drejtori dhe dërgohet për miratim Drejtorit të Përgjthshëm.
Zbaton detyra të tjera që jep Drejtori i Përgjithshëm.
Drejtoria përbëhet nga dy sektorë:
Sektori i Financës, Buxhetit dhe Burimeve Njerëzore
Organizon, kontrollon dhe përpunon të gjitha veprimet kontabël me njësitë, harton bilancin kontabël me anekset përkatës. Ndjek çeljen e fondeve të investimeve me Dikasterin, degën e thesarit, përgatit analiza për financën, kontabilitetin e buxhetin e SH.GJ.SH, ndjek lëvizjen e personelit.
Sektori i Shërbimeve Mbështetëse
Përgatit paketën e akteve ligjore e nënligjore në kuadër të veprimtarisë së SH.GJ.SH. Siguron mbështetjen ekonomike-juridike për kontrata të ndryshme apo marrëveshje me të tretë, Mban dokumentacionin e prokurimeve, përfaqëson me prokurë të veçante titullarin e institucionit në gjyqe e arbitrazhe, ndjek, organizon, dhe përgjigjet për furnizimet me materiale, për shërbimet e ndryshme, privatizimin etj, harton dokumentacionin për tenderat dhe ankandet.